短肽型肠内营养剂以水解蛋白提供氮源，经部分消化即可吸收，适用于消化道功能轻、中度障碍者。少数病人可能有腹胀、腹泻、腹痛等不良反应，减慢管饲速度即可缓解。禁用于肠梗阻、胃肠道功能衰竭、严重的腹腔脓毒血症。其中代表药为百普素(Pepti-2000 variant)，其以短肽为氮源，研究表明肠道吸收短肽比吸收游离氨基酸更快、更为有效。45%~50%脂肪来自于中链甘油三脂，它的脂肪吸收率很高；低电解质水平，除铁、锌、铜、碘、锰外，还有3种微量元素铬、硒、钼尤为重要。易于吸收、消化，生物利用度高，粪便残渣很少，其低脂配方更适用于消化道功能紊乱的患者；低渗透压有利于人体获得足够的必需脂肪酸。